Hoc Inkvizícia oficiálne vznikla až v 13. Storočí, fakticky už existovala po uznaní kresťanstva ako štátneho náboženstva v štvrtom storočí cisárom Konštantínom Veľkým. Katolícka cirkev už od počiatku musela čeliť tým, ktorí napadali základné dogmy cirkvi /napr., že Kristus nebol boží syn/ Biskupské synody takýchto jedincov exkomunikovali z cirkvi. Sv. Augustín poznamenal, že odpadlíka /ako sa nazývali jedinci, ktorí opustili kresťanstvo/ zachrániť dušu veriaceho možno i proti jeho vôli.
V dvanástom storočí pápež vydal bulu, ktorou zriadil inkvizičné úrady v najdôležitejších biskupských diecézach. Diecézy mali svojho inkvizítora – vyhľadávača pravdy, ktorého povinnosťou bolo vyšetriť či v danej diecéze sa nachádzajú kacíri. Ak áno, tak ich potrestať. Vyšetrovacie metódy a tresty pre kacírov boli mierne, v porovnaní drastickými postupmi v nasledujúcich storočiach. Obvineného predviedli pred biskupského inkvizítora. Ak svoju počas výsluchu vinu poprel, tak vypočúvanie prešlo do ďalšej fázy – mučenia tzv. trpné právo. Mučenie však nesmelo na žalovanom zanechať trvalé stopy. Ak sa zistilo, že obvinený je kacír, tak najčastejšie tresty boli peňažná pokuta, vykázanie, ťažké práce, ojedinele smrť.
Na prelome 12 a 13. Storočia dochádzalo ku vzniku katarským sektám v južnom Francúzsku. Na začiatku trinásteho storočia nariadil pápež Inocent III. križiacku výpravu proti Katarom. Katari sa dopustili osudnej chyby, keď zavraždili pápežského vyslanca. Pomsta bola veľmi krutá. Križiacku výpravu, resp. krvavú pomstu viedol francúzsky kráľ Filip Augustus. Za niekoľko mesiacov zomrelo tisícky mužov, žien a detí. Časť z nich bola pobitá mečmi, časť upálená.
Veľmi miernu formu navrátenia katárov do lona katolíckej cirkvi bola misijná činnosť sv. Dominika, ktorý chodil medzi katármi kázať im. Popri tejto misijnej činnosti im zabezpečoval jedlo a iné veci dôležité pre život. Dominik si bol vedomý, že veľa cirkevných hodnostárov žije v prepychu, čo mu prácu nijak neuľahčovalo. Preto sa rozhodol založiť nový rád Dominikánov /pápež ich schválil v roku 1215/, ktorí v chudobe chodili medzi katárov Konanie sv. Dominika prinieslo svoje ovocie, ale zrejme sa to nevidelo dosť cirkevným hodnostárom. V roku 1231 bola pápežskou bulou zriadená Inkvizícia ako veľmi účinný a nebezpečný nástroj pre kacírov. A činnosť inkvizítorov pápež práve zveril novozaloženému rádu Dominikánov. Zrejme toto konanie bolo v rozpore zo želaním zakladateľa rehole sv. Dominika de Guzman. Zriadením inkvizície sa začína označenie dlhej epochy pre Európu tzv. temný stredovek. Ako najčastejší vynudzovací prostriedok sa stalo mučenie. Najčastejšia bola smrť upálením.
Inkvizitóri – dominikáni horlivo plnili svoju úlohu. V nasledujúcich storočiach až po jej zrušenie v Španielsku v 1848 bolo na smrť odsúdených okolo milión ľudí. Najčastejšie obete inkvizície boli ženy obžalované z čarodejníctva. Rovnako aj templarsky rád bol v roku 1309 pápežom zrušený a jeho členovia vyhlásení za kacírov. Nikto nepochybuje, že dôvody boli politické – snaha si privlastniť veľké bohatstvo tejto rehole francúzskym kráľom.
V roku 1487 na pápežov podnet napísali hotovú učebnicu na vyhľadávanie a obžalovanie čarodejníc dvaja inkvizítori Iacobus Sprenger a Heinrich Institoris s názvom Kladivo na čarodejnice. V tom istom roku bola založená aj španielska inkvizícia.
Španielska inkvizícia
Forma tejto inkvizície bola skutočne nespravodlivá, pretože jej poslaním nebolo odhaľovať a trestať kacírov, ale politicky zničiť Maurov a Židov, žijúcich v Španielsku. K zriadeniu tejto formy inkvizície došlo v roku 1487 manželmi Ferdinandom Aragónskym a Izabelou Kastílskou. Dôvod na zriadenie inkvizície bola snaha získať majetok veľkej hodnoty od nekresťanov. Často krát vysoké štátne funkcie práve vykonávali Židia, či Mohamedáni. Navonok žili ako kresťania zo strachu pred prenasledovaním, ale v súkromí vyznávali svoju vieru.
Ešte k výraznejšiemu posilneniu španielskej inkvizície došlo v roku 1542, keď pápež Pavol III. založil Sanctum Officioum – Sväté ofícium pre univerzálnu inkvizíciu. Úrad Sanctum Offiicioum nemalo len za úlohu posilniť španielsku inkvizíciu, ale plniť aj úlohu najvyššieho odvolacieho orgánu vo veciach viery. Tomuto orgánu predsedal sám pápež. Z jednej strany to plnilo negatívnu úlohu, ale z druhej strany bolo nutné vydať jednoznačné stanovisko v základných dogmách katolíckej viery. O rok neskôr bol vydaný tzv. Index zakázaných kníh. Knihy vydané na tomto zozname boli na námestí v mestách hodené do ohňa. Väčšinou kníh, ktoré takto boli spálených, bolo vedeckých. Len máloktoré knižky sa dotýkali dogiem katolíckej cirkvi. Tento index zakázaných kníh prakticky prestal existovať v roku 1966, keď pápež vyhlásil, že už zoznamy nebudú vychádzať.
V rokoch 1492 – 1498 stál na čele španielskej inkvizície fanatický Tomas Torquemada, za ktorého úradovania prišlo o život tisícky ľudí. Niektoré pramene uvádzajú, že ich bolo až desaťtisíc. O Tomasovi Torquemadovi sa hovorilo, že je nepodplatiteľný, že slepo a kruto si plní povinnosti hlavného inkvizítora. Historici pripúšťajú možnosť, že sám Torquemanda bol židovského pôvodu.
Obeťou inkvizície bol dokonca aj sám sv. Ignác z Loyoly. Väznili ho niekoľko týždňov. Počas väznenia mu nedokázali nič, čo by mohlo podľa inkvizítorov narúšať vieru katolíkov. Z veľkou pravdepodobnosťou ho možno aj mučili. Zakázali mu učiť niektoré závažné teologické otázky, dokiaľ nevyštuduje teológiu. Ignác bol z toho tak zdeptaný, že zo Španielska odišiel do Paríža na niekoľko rokov.
Inkvizícia v Španielsku bola zrušená v roku 1828 krátko po tom, čo bol upálený istý učiteľ. V Mexiku bola zrušená v roku 1817.
Inkvizícia na Slovensku
Inkvizičný proces na Slovensku čo do počtu, výrazne zaostával za západnou Európou. V tomto smere bolo Slovensko osvietenejšie než západná Európa. Dokonca aj samotný priebeh tohto procesu bol spravodlivejší. Tu žalovaného nebolo možne obviniť anonymne. Žalobca a žalovaný museli stáť oproti sebe tvárou tvár pred súdom, ktorý viedol mestský magistrát. Aj tu najčastejším trestom bola smrť, upálením. Azda najmiernejšie to prebiehalo v oravskej stolici, kde trestom tu boli nútené práce alebo peňažná pokuta.
Podľa dobových záznamoch bola ako prvá upálená žena menom Maxinka na začiatku 16. Storočia. V rokoch 1565 – 1756 sa prejednávalo pred mestskými súdmi 554 prípadov, z toho bolo 403 odsúdených upálených na hranici.
Najviac súdnych procesov sa prejednalo v meste Krupina. A práve v Krupine bola v roku 1748 upálená posledná bosorka.
Pápež Ján Pavol II. Sa za svojho pontifikátu ospravedlnil svetu za dosiaľ spáchané krivdy počas celej histórie katolíckej cirkvi. Medzi omyli a krivdy bola zahrnutá aj inkvizícia.
Dokonca aj v 21. storočí napr. v moslimských krajinách sú ženy odsúdené na trest smrti, keď spáchajú cudzoložstvo.